一、个人工资超过5000怎么扣税

1、应纳税所得额=月度收入-5000元(起征点)-专项扣除(三险一金等)-专项附加扣除-依法确定的其他扣除。

2、法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》 第六条 应纳税所得额的计算：

(一)居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。

(二)非居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额;劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得，以每次收入额为应纳税所得额。

(三)经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。

(四)财产租赁所得，每次收入不超过四千元的，减除费用八百元;四千元以上的，减除百分之二十的费用，其余额为应纳税所得额。

(五)财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。

(六)利息、股息、红利所得和偶然所得，以每次收入额为应纳税所得额。劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得以收入减除百分之二十的费用后的余额为收入额。稿酬所得的收入额减按百分之七十计算。个人将其所得对教育、扶贫、济困等公益慈善事业进行捐赠，捐赠额未超过纳税人申报的应纳税所得额百分之三十的部分，可以从其应纳税所得额中扣除;国务院规定对公益慈善事业捐赠实行全额税前扣除的，从其规定。

二、个人所得税专项扣除有哪几项

1、个税专项扣除有子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金和赡养老人等六项，纳税人可在申报纳税时按规定标准在取得工资、劳务报酬时予以税前扣除。

2、法律依据：

《个人所得税专项附加扣除暂行办法》第二条本办法所称个人所得税专项附加扣除，是指个人所得税法规定的子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人等6项专项附加扣除。

《中华人民共和国个人所得税法》第九条扣缴义务人每月所扣的税款，自行申报纳税人每月应纳的税款，都应当在次月十五日内缴入国库，并向税务机关报送纳税申报表。